Le borse di studio che fruiscono di un regime tributario di favore si dividono in due categorie:
- le borse di studio corrisposte a titolo di assistenza scolastica agli studenti iscritti a corsi di studi universitari;
- le borse di studio corrisposte per la frequenza di corsi di specializzazione e per attività di ricerca post-laurea.

Quest'ultima tipologia di borse di studio è stata completamente esentata dall'assoggettamento ad IRPEF dalla legge n. 398 del 30 novembre 1989. In particolare l'articolo 6, comma 6, della citata legge, dispone l'integrale esenzione dall’IRPEF per le erogazioni di borse di studio conferite dalle università e dagli istituti d'istruzione universitaria per la frequenza di corsi di perfezionamento e delle scuole di specializzazione previsti dallo statuto, per i corsi di dottorato di ricerca, per lo svolgimento di attività di ricerca dopo il dottorato e per i corsi di perfezionamento all'estero.

Le borse di studio erogate per i corsi di dottorato di ricerca, anche se esenti ai fini fiscali, non lo sono ai fini contributivi; infatti, pur non costituendo, per la loro tipologia, un vero e proprio rapporto di lavoro parasubordinato, sono assoggettate alla gestione separata dell’ INPS. I1 versamento dei contributi è effettuato dall'ente erogatore entro il 16 del mese successivo a quello di pagamento del compenso.

I percettori di borse di studio per dottorato di ricerca ricevono, pertanto, dall'ente erogatore il CUD, non ai fini della certificazione del reddito corrisposto, in quanto esente (parte B del CUD non compilata), ma ai fini della certificazione dei contributi previdenziali trattenuti e versati (parte C, sezione 2, del CUD compilata).
Questi soggetti, comunque, se non hanno conseguito alti redditi che concorrono alla formazione del reddito complessivo per un ammontare superiore a euro 2.840,51, rientrano tra i familiari a carico.

Le somme corrisposte in relazione alla partecipazione ai corsi di formazione specifica in medicina generale, a differenza delle borse di studio erogate agli iscritti alle scuole di specializzazione post-laurea in medicina e chirurgia, non godono dell'esenzione IRPEF e sono pertanto assoggettate a tassazione come le somme, di cui alla lettera C), comma 1, dell'art. 50 del TUIR, corrisposte da chiunque a titolo di borsa di studio o di assegno, premio o sussidio per fini di studio o di addestramento professionale.

In questo caso i percettori ricevono dal soggetto erogatore il CUD che certifica, al punto 1 della parte B del CUD, i redditi corrisposti.

Il soggetto che percepisce queste somme ha diritto alle detrazioni di cui all'art. 13, commi 1 e 2 del TUIR.